En el año 2006 el grupo enfrentó problemas que amenazaron su estabilidad y su popularidad. Siendo varias de sus integrantes e ex-integrantes mayores y con nuevos intereses, aparecen las primeras indiscreciones publicadas por la prensa: Una de las miembros más populares Mari Yaguchi, resulta víctima de los fotógrafos, quienes hacen pública su relación amistosa con un conocido actor. Este escándalo rompe con las reglas impuestas por tzunku y como consecuencia, se precipita la salida de Yaguchi sin graduación previa. Por otro lado, Ai Kago es pescada fumando tabaco antes de cumplir la edad legal para hacerlo. (Actualmente Kago se encuentra totalmente separada de Hello! Project). Afortunadamente, la activa y disciplinada Rika Ishikawa sí pudo gozar de un emotivo concierto de despedida.

Sin embargo, Morning Musume logra superar sus dificultades.
Después de un año irrelevante en cuestion singles, el 2006 trae mejores augurios: Las chicas ganarían un reconocimiento por haber realizado una campaña ecológica. Además. los pasos de baile de la canción “Sexy Boy” llegaron a ser muy populares.
Ese mismo año, se adelanta la graduación de Asami Konno y Makoto Ogawa para permitirles continuar con sus estudios, no sin antes haber participado junto con todo el grupo, en la obra musical “Ribbon no Kishi” (Un proyecto totalmente diferente a lo que se espera de un grupo vocal como Morning Musume).
En el 2007, nuevas canciones, retoman el estilo “perdido” de Morning Musume: “Aruiteru” es el single que les regresa al número uno de las listas después de tres años de no lograrlo. Finalmente, las Musume estaban en la cima otra vez.

Para la octava generación se selecciona a Aika Mitsui, cuyas primeras participaciones se dan en canciones de corte más moderno y rockero como “Egao Yes Nude” y “Kanashimi Twilight”.
Lamentablemente los percances con la prensa continuaron cuando se descubre el romance de Miki Fujimoto, lo que desde entonces la pone al margen del grupo. Para colmo de males la ex-integrante Nozomi Tsuji anuncia su retiro de las actividades de Hello! project por motivos de embarazo.
A mediados del 2007, Hitomi Yoshizawa se gradúa enmedio de un memorable concierto. En esa ocasión se anunció el movimiento más audaz perpetrado por Tzunku y Morning musume: Las nuevas miembros son de origen Chino: Li Chun and Qian Lin.